Vanaf juli 1942 starten in Nederland de transporten vanuit Westerbork naar de vernietigingskampen in Oost-Europa. Kort na plundering van de synagoge vallen bij de eerste Flakkeese Joden de oproepen voor transport op de mat. Achttien personen moeten zich op 14 augustus melden op het Havenhoofd. De oproepen lijken willekeurig: de drie kinderen uit het gezin Gazan uit Middelharnis moeten zich wél, hun ouders niet melden. Leden van de Joodse Raad, ouderen en zieken krijgen uitstel. Deze eerste groep reist via Loods 24 in Rotterdam. Daar worden zij gekeurd en vervolgens rechtstreeks naar Westerbork gebracht. Al op 17 augustus 1942 moeten zij daar in de trein naar hun eindbestemming Auschwitz-Birkenau. Voor eind september zijn zij allemaal vermoord. Vrouwen en kinderen worden direct na aankomst vergast. Zo komt er, drie dagen voordat zij haar vierde verjaardag had moeten vieren, een eind aan het leven van het  jongste slachtoffer van het eiland, Hester Cato Hammelburg. Haar vader Jakob Louis Hammelburg leeft van deze groep slachtoffers het langst; hij overlijdt op 26 september 1942. Hoe wreed de omstandigheden zijn, dat zelfs de gezondste mannen binnen een maand overleden, is eigenlijk niet voor te stellen

In september en oktober vallen er slechts enkele losse oproepkaarten bij Flakkeese Joden op de mat. Op 3 november 1942 volgt het tweede grote transport. Op enkele zieken na worden dan alle Joden naar Amsterdam gebracht. Degenen die een vrijstelling hebben – een zgn. Sperre – mogen daar nog enige tijd in de Joodse wijk wonen. Anderen worden via de Hollandse Schouwburg, de verzamelplaats voor Joden in Amsterdam, gelijk naar Westerbork getransporteerd en daarvandaan door naar Auschwitz.

De laatste Joden, vijf zieken van uit het ziekenhuis te Dirksland en twee hoogbejaarde Jodinnen uit Middelharnis, worden op 20 januari 1943 naar Amsterdam gebracht. De tussenstop in Amsterdam geeft enkelen van de gelegenheid om onder te duiken. Zo vluchten Eva Gazan-Meuleman en Debora Rood in Amsterdam de straat op en weten zij een onderduikadres te vinden. De anderen worden uiteindelijk allemaal naar Westerbork gebracht. Vanaf maart 1943 is de bestemming van de treinen met Flakkeese Joden op een enkele uitzondering na vernietigingskamp Sobibor. Van alle duizenden die daar naar toe worden gebracht, overleven slechts negentien Nederlandse Joden de oorlog. Alle Flakkeeënaars worden er direct na aankomst vermoord.